I MERA kan de enkelte varelinier være opdateret med automatisk fakturering af diverse afgifter o.lign. En afgift kan selvfølgelig være en firmarelateret afgift f.eks. paller, eller som ordet sige en afgift, man opkræver for staten f.eks. emballage, olie o.s.v.
Til hver afgift hører udover en beskrivelse:
Ved fakturering akkumuleres varelinerne (antal og beløb) pr afgiftstype. Når den almindelige faktura har nået den sidste varelinie, påføres fakturaen en ekstra varelinie pr afgift med afgiftsvarenummeret og antal sat til det akkumulerede afgiftsbasis. Denne varelinie prissættes og beregnes, som øvrige varelinier. D.v.s. afgifsvaren indeholder prissætningsparametre og konteringstabel, således at man kan bogføre salget på specielle salgskonti.
Man kan have op til 255 afgifter i systemet.